该所建成后将作为中医药研究的平台，组织中医学、化学、药理学、分子生物学、生物信息学、计算机等多学科的优势研究力量， 以临床有效中药复方为研究对象，从多学科、多途径、多角度研究复方的化学成分、药理作用、体内代谢、作用靶点和作用机制，最终阐明复方的药效物质基础和作用机理，研制出质量可控、疗效确切、剂型先进、服用方便的现代中药，同时探索出进行复方研究可行的方法学体系。通过努力，使现代中医药研究所成为辐射到各相关学科乃至全国药物研究单位的现代中医药研究基地。
